A FUNDACINE iniciou suas atividades no final de 1998, sendo os seus dois primeiros anos de funcionameno marcados pelo esforço no sentido de consolidar a entidade em seus aspectos físicos, operacionais e políticos. Mesmo nessas condições, a FUNDACINE promoveu, em 1999, a primeira edição do Prêmio RGE Governo RS de cinema, que distribuiu R$ 3.300.000 para a realização de três produções em longa metragem, todas já concluídas: Tolerância, de Carlos Gerbase; Netto perde sua alma, de Beto Souza e Tabajara Ruas; e Concerto Campestre, de Henrique de Freitas Lima.

Em 2000, a FUNDACINE organizou o III Congresso Brasileiro de Cinema, em Porto Alegre, reunindo representantes dos setores de produção, exibição, distribuição e educação cinematográficas na busca por soluções para o setor. Esse evento marcou a reinserção do cinema na agenda política do País, postura que resultou na criação, depois de 12 anos do fechamento da Embrafilme, de uma instância governamental federal para administrar o setor: a Ancine. A Fundacine também enviou representantes para as edições seguintes do evento, vindo a realizar em 2010 o 8º Congresso Brasileiro de Cinema e Audiovisual, o qual novamente marcou a rearticulação da classe audiovisual brasileira, visando congregar novamente os setores que ao longo dos anos foram tomando posicionamentos diferentes em relação às políticas de fomento.

Em 2001, a FUNDACINE iniciou o projeto RodaCine, em parceria com a RGE e o Governo do Estado do RS, através do Instituto Estadual de Cinema - IECINE. O RodaCine é um projeto que visa a descentralização do circuito exibidor, além de democratizar o acesso à cultura e, sobretudo, ao cinema brasileiro e formar público qualificado em municípios gaúchos que não possuam sala de cinema comercial. Com cinco edições já realizadas, em 2011 o RodaCine completou 10 anos de existência, contabilizando números que demonstram o sucesso desta iniciativa.

Ainda em 2001, ocorreu a segunda edição do Prêmio RGE Governo do Estado para o financiamento de longas-metragens, com a concessão de R$ 1.300.000 para cada uma das seguintes produções: O homem que copiava, de Jorge Furtado, Extremo Sul, de Mônica Schmiedt e Sylvestre Campe, e Diário de um novo mundo, de Paulo Nascimento.

Durante o Fórum Social Mundial de 2002, a FUNDACINE realizou o Fórum Mundial do Audiovisual, uma atividade promovida pelo Congresso Brasileiro de Cinema e que contou com a participação de entidades e profissionais dos cinco continentes. O FMA foi um evento marcado pela discussão de propostas de resistência ao monopólio da indústria audiovisual. Durante o Fórum, foi firmada a Carta de Porto Alegre, um documento que ressalta a importância da diversidade cultural e conclama seus signatários a defendê-la frente aos governos de seus países.

Em 2003, a FUNDACINE entra como parceira da Prefeitura Municipal e da AAMICA no projeto da restauração do Cine Capitólio, com a proposta de restaurar o prédio, que é tombado como patrimônio cultural nacional, além de implantar a Cinemateca Capitólio, sendo essa a primeira grande cinemateca do RS. Em 2004, foi conquistado o patrocínio da Petrobrás, que viabilizou as duas primeiras etapas do restauro. Em 2006, iniciou-se tratativas com o BNDES para a viabilização da terceira e última etapa do restauro, negociação que durou quase quatro anos e culminou na conquista do patrocínio somente em 2010. A conclusão desta terceira etapa contará ainda com o aporte direto do Ministério da Cultura e da Prefeitura de Porto Alegre, tendo a previsão de entrega deste novo espaço cultural à sociedade gaúcha para o segundo semestre de 2012.

Em 2006, a FUNDACINE firmou um protocolo de intenções com a PUCRS e Governo do Estado do RS para viabilizar a construção do Centro Tecnológico de Produção Audiovisual, até então chamado CTPAV. O projeto prevê a implantação de um complexo de produção audiovisual no Campus da PUCRS Viamão, onde está sendo implantada a Fase 3 do TECNOPUC. Esse convênio foi renovado em 2009 e reafirmado em 2011, quando o projeto ganhou um novo nome e marca institucional, passando agora a chamar-se TECNA - Centro Tecnológico Audiovisual do RS.

Também em 2006, a FUNDACINE assinou um convênio com o Sindicato dos Bancários para a elaboração do projeto Cine Bancários; realizou em conjunto com a Prefeitura de Porto Alegre o Seminário Mecenas da República; iniciou esforços para a constituição de uma Film Commission no RS; assinou um termo de cooperação de conteúdo com o site Cena de Cinema;  além de ter conquistado recursos para ativar uma segunda unidade no projeto RodaCine, o qual passou a contar com uma Unidade Interior e uma Unidade Metropolitana, ambas equipadas com projetor 35mm e digital, tela fixa e inflável, equipamento de som profissional e equipe operacional.

Em 2008, a FUNDACINE realizou diversas ações em comemoração aos seus 10 anos de existência, dentre elas o lançamento de um catálogo da produção audiovisual gaúcha realizada entre 2005-2008; um CD de Trilhas do Cinema Gaúcho, com canções que marcaram grandes produções cinematográficas gaúchas na última década; além de seminários e ações de difusão do cinema gaúcho.

Nestes anos, a FUNDACINE esteve presente em diversos eventos audiovisuais importantes no país, dentre eles: as edições do Congresso Brasileiro de Cinema; Congresso Internacional da Fiaf;  Festival de Cinema de Gramado; Gramado Cine Vídeo; Cinesquemanovo; Santa Maria Cine Vídeo; Festival de Verão do RS de Cinema Internacional; Fórum do Audiovisual do Mercosul (FAM); Festival Mundial de Publicidade de Gramado; FIICAV - Feira Internacional da Indústria Audiovisual; Encontros de Film Commissions; Cine Ceará; Cine Pernambuco; Festival do Rio; Fórum Brasil; Encontros da ABTA - Associação Brasileira de Tvs por Assinatura; entre outros.

A FUNDACINE também apoia diversas iniciativas do setor dentro e fora do Estado, fazendo parte da Comissão Executiva do Festival de Cinema de Gramado; da Comissão Executiva da Mostra Assembleia Legislativa de Cinema; do Conselho Municipal de Cultura; do Fórum Entre Fronteras; do Congresso Brasileiro de Cinema; da ABRAFIC – Associação Brasileira de Film Commissions; entre outros.

Em 2011, a FUNDACINE comemora seus 13 anos de existência afirmando-se como uma das mais importantes instituições no país que trabalham pelo fomento da atividade audiovisual e pelo desenvolvimento do mercado gaúcho para retomar a posição de principal pólo de produção, fora do Eixo RJ-SP.